De volgende organisaties zijn betrokken bij de vaststelling van het vaccinatieprogramma en de uitvoering van de vaccinaties:

• Het Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport is eindverantwoordelijk voor het vaccinatieprogramma.
• De Inspectie voor de Gezondheidszorg houdt toezicht op de uitvoering van het vaccinatieprogramma.
• De Gezondheidsraad geeft advies over wenselijke veranderingen van het vaccinatieprogramma. 
• Het Nederlands Vaccin Instituut (NVI) levert de vaccins of koopt ze in. 
• De consultatiebureaus en GGD'en en de Medische Opvang Asielzoekers (MOA) voeren de vaccinaties uit. De MOA stelt een inhaalvaccinatieplan op voor niet in Nederland geboren kinderen. De consultatiebureaus vallen meestal onder de thuiszorg; de koepel daarvan is ActiZ.  De koepel van de GGD'en is GGD Nederland.
• Het Rijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu (RIVM) coördineert de uitvoering van het vaccinatieprogramma en houdt daarop medisch toezicht. Het beheert ook de vaccinatieregisters. Bovendien doet het instituut onderzoek om het vaccinatieprogramma te onderbouwen en te evalueren. Een onderdeel hiervan is de bijwerkingenregistratie. Ook coördineert het RIVM de communicatie over het vaccinatieprogramma.              

Wijzigingen in het programma
De minister van VWS past het Rijksvaccinatieprogramma aan na adviezen van de Gezondheidsraad. Ze zijn gebaseerd op nieuwe wetenschappelijke inzichten en technische mogelijkheden. Zo is in 2003 voor bepaalde groepen kinderen de vaccinatie tegen hepatitis B opgenomen. In 2002 is de vaccinatie tegen meningokokken C toegevoegd vanwege een explosie van ernstige ziekten veroorzaakt door meningokokken C in Nederland. Een extra kinkhoestinenting voor 4-jarigen werd in 2001 ingevoerd. Sinds 1 januari 2005 wordt een nieuw DKTP-Hib-combinatievaccin gebruikt dat beschermt tegen difterie, kinkhoest, tetanus, polio en Hib-ziekten. Hierin is een acellulair kinkhoestvaccin opgenomen. Baby's waarvan de moeder draagster is van het hepatitis B-virus krijgen sinds 1 januari 2006 een eerste hepatitis B-vaccinatie binnen 48 uur na de geboorte. En sinds 1 april zit vaccinatie tegen pneumokokken in het programma.
Tot 2006 bracht de Inspectie voor de Gezondheidszorg ieder jaar een circulaire uit over de uitvoering van het Rijksvaccinatieprogramma. Sinds 2006 brengt het RIVM de circulaire uit. Alle artsen en verpleegkundigen die betrokken zijn bij het Rijksvaccinatieprogramma worden hiermee geïnformeerd over de veranderingen in het programma.