Behalve door bacteriën kunnen infecties ook worden veroorzaakt door schimmels, van oppervlakkige infecties tot ernstige infecties zoals dermatofytose, aspergillose en candidiasis. Infecties veroorzaakt door schimmels kunnen worden behandeld met antischimmelmiddelen. Antischimmelmiddelen remmen de groei van schimmels. 

Antischimmelresistentie kan zich ontwikkelen tijdens antischimmelbehandeling in het ziekenhuis. Resistentie tegen schimmels kan zich ook buiten het menselijk lichaam ontwikkelen, bijvoorbeeld bij het spuiten van fungiciden op landbouwvelden om schimmelziekten in gewassen te behandelen. 

Welke schimmels zijn bijzonder resistent? 

• Aspergillus fumigatus is een schimmel die mensen met een verzwakt immuunsysteem kan infecteren, waarbij een aanzienlijk aantal mensen overlijdt. Sinds 1990 is deze schimmel resistent geworden tegen antischimmelmiddelen. De afgelopen decennia heeft A. fumigatus multiresistentie ontwikkeld tegen niet alleen polyenen, maar ook tegen verschillende azolen. 
• Candida auris is een gist die invasieve candidiasis (schimmelziekte) kan veroorzaken met betrokkenheid van de bloedbaan, het centrale zenuwstelsel en inwendige organen bij personen met een verzwakt immuunsysteem. Candida auris is bijzonder resistent tegen fluconazol en kan ook resistent worden tegen andere groepen antischimmelmiddelen. Daarom is deze gist moeilijk onder controle te houden en kan hij uitbraken veroorzaken in gezondheidszorginstellingen.  
• Dermatofyten zijn schimmels die zich voeden met keratine, een eiwit in huid, haar en nagels, en die infecties zoals ringworm en voetschimmel veroorzaken. In de afgelopen tien jaar zijn er vanuit Azië meldingen gekomen van nieuwe dermatofytische stammen die resistent zijn tegen onder andere het veelgebruikte antischimmelmiddel terbinafine.