Onzekerheid over gegevens is niet altijd een probleem in benefit-risk analyse. Bronnen van onzekerheid moeten op zijn minst geregistreerd worden, maar kunnen ook geëvalueerd worden.

Als men niet zeker is over een bepaalde puntschatting, kan gerekend worden met distributies. Als dit niet mogelijk is, kan gerekend worden met ‘stel dat’ scenario’s. Als het invullen van een bepaalde (extreme) waarde nog niet tot een verhoogd risico leidt, dan is het aannemelijk dat er geen verhoogd risico is.