Per hoofdgrondsoortregio (zand, klei, veen en löss) is een meetnet opgezet voor de Evaluerende Monitoring. Ieder regionaal meetnet van het LMMLandelijk Meetnet effecten Mestbeleid is gefaseerd tot stand gekomen.

Na een oriënterend onderzoek is een meetprogramma uitgevoerd. Op basis hiervan is het regionale meetnet gerealiseerd. De opbouw van het meetnet is in 1987 begonnen.

Tot 2006 bestond het LMMLandelijk Meetnet effecten Mestbeleid uit steeds wisselende meetlocaties. In de zandgebieden werd ieder bedrijf bijvoorbeeld in een periode van zeven jaar driemaal bemonsterd. Daartoe werden jaarlijks nieuwe landbouwbedrijven opgenomen in het meetnet, terwijl andere bedrijven weer afvielen. Door de inrichting van het Derogatiemeetnet en de bepalingen van de EUEuropean Union die daarvoor gelden, worden sinds 2006 jaarlijks steeds dezelfde bedrijven bemonsterd en vindt er alleen wisseling plaats als bedrijven niet meer deel willen nemen.

Het aantal deelnemende bedrijven aan alle onderdelen van het LMM is van circa 100 in 1991 gegroeid tot circa 540 in 2009. Na de evaluatie van het LMM in 2009-2010 is besloten een aantal onderdelen te stoppen en het LMM te beperken tot het Basismeetnet en het Derogatiemeetnet. Sindsdien wordt jaarlijks van circa 350 - 400 bedrijven de landbouwpraktijk vastgelegd en de waterkwaliteit gemeten.

Start meetnet in 1987

Het LMMLandelijk Meetnet effecten Mestbeleid  vindt zijn oorsprong in 1987. Naar aanleiding van de Nota 'Evaluatie Mestbeleid Eerste Fase' is door het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu een haalbaarheidsonderzoek uitgevoerd, speciaal gericht op bedrijven op de zandgronden. In de oorspronkelijke opzet omvatte het meetnet 100 bedrijven (80 melkveebedrijven en 20 akkerbouwbedrijven).

In samenwerking met het  LEILandbouw Economisch Instituut (huidig Wageningen Economic Research, onderdeel van de WURWageningen University & Research) heeft het RIVM in 1992 het Meetprogramma Kwaliteit Bovenste Grondwater Landbouwbedrijven (MKBGLMeetprogramma Kwaliteit Bovenste Grondwater Landbouwbedrijven) ingericht op basis van het eerdere haalbaarheidsonderzoek.

Na een eerste evaluatie in 1996 is besloten de RIVM/LEI samenwerking te continueren. Als uitvloeisel van de eerste Actieprogramma's in het kader van de Nitraatrichtlijn en het verder uitwerken van de mestwetgeving, is de monitoringsinspanning verder uitgebreid. Deze uitbreiding betrof het opstarten van monitoringprogramma's op bedrijven in de Klei- en Veenregio (1996/1997). In een later stadium is monitoring in de Lössregio erbij gekomen.

Het zijn vooral de ontwikkelingen in het gevoerde landbouwbeleid die de opzet en activiteiten van het LMM bepalen. Het Nederlandse landbouwbeleid wordt geformuleerd binnen door de EUEuropean Union   vastgestelde kaders. In de periode 1992 tot 2003 was het meetnet, in vergelijking met de huidige grootte, beperkt van omvang. In 2003 oordeelde het Europese Hof van Justitie dat het in Nederland gevoerde beleid niet op alle punten strookte met de Europese regelgeving. Dit oordeel, in combinatie met het derogatieverzoek en de derogatietoekenning eind 2005, heeft er toe geleid dat het meetnet in de jaren na 2003 aanzienlijk is gegroeid.

Verkennende Monitoring

Het onderdeel Verkennende Monitoring (LMM-VMVerkennende Monitoring ) kent een lange historie, waarbij de nadruk in de begin jaren op de melkveehouderij heeft gelegen. In de periode 1993-1997 is de waterkwaliteit gemonitord bij bedrijven van het project Management Duurzame Melkveehouderij (MDMManagement Duurzame Melkveehouderij). Het MDM-project wordt wel gezien als de voorloper van het project Koeien & Kansen (K&K). Deelnemers aan het project K&K zijn vanaf 1997 ook in het LMM opgenomen en gemonitord. Ook bij een aantal biologische melkveebedrijven in het project Bioveem is de waterkwaliteit gemonitord in de jaren 1996-2006. Sinds 2003 is en wordt ook gemeten op een deel van de akker- en tuinbouwbedrijven uit het project Telen met toekomst (TmtTelen met toekomst) .

Wegens budgettaire beperkingen neemt het aantal aan het LMM deelnemende bedrijven sinds 2010 weer enigszins af. Met name de programma's met een beleidsverkennend karakter worden niet langer ondersteund.