COllaborative Management Platform for detection and Analyses of (Re-) emerging and foodborne outbreaks in Europe (COMPARE, E/115517) Haringhuizen, mr. drs. G.B. (George)(I&V). Centrale ‘one-stop-shop’-database voor de beheersing van ziekte-uitbraken in Europa. De bouw van een geïntegreerde Europese database om sneller ziekte-uitbraken te kunnen detecteren of voorspellen en efficiënter te reageren om verspreiding te voorkomen.

Inleiding en motivatie

COMPARE richt zich de komende 5 jaar op de bouw van een geïntegreerde Europese database om sneller ziekteuitbraken te kunnen detecteren of voorspellen en efficiënter te reageren om verspreiding te voorkomen. Het gaat om een centrale ‘one-stop-shop’-platform voor het opslaan en analyseren van genetisch materiaal van infectieuze pathogenen uit alle mogelijke bronnen, via een gemeenschappelijke en wereldwijd toegankelijk database systeem op basis van de nieuwste en meest vooruitstrevende moleculaire technologie, whole genome sequencing / next generation sequencing (WGS whole genome sequencing (whole genome sequencing)/NGS Next Generation Sequencing (Next Generation Sequencing )). Deze manier van werken vermindert de impact en kosten van uitbraken aanzienlijk.

Doel(en) en onderzoeksvragen

Een door een RIVM-medewerker begeleide promovendus zal worden betrokken bij de next generation sequencing (NGS) van virussen en zal deelnemen aan het opzetten van een analyse pipeline voor NGS gegevens. Daarnaast wordt onderzoek gedaan naar de PEARL barrières (politieke, ethische, administratieve en juridische belemmeringen) voor de internationale uitwisseling van NGS data en metadata.

Aanpak en methoden

COMPARE is een consortium van 29 partners uit 10 Europese landen. Het RIVM neemt deel aan dit Europese project voor een aantal technische onderdelen en voor een aantal juridische, ethische en internationaal-organisatorische vraagstukken. Dit project zorgt ervoor dat het allernieuwste moleculaire gereedschap beschikbaar komt voor stakeholders uit verschillende sectoren. Daarnaast zullen in de toekomst next generation sequencing (NGS) als methode en de daarbij behorende metadata een belangrijke basis vormen voor besluitvormings- en beleidsprocessen ter bevordering van de publieke gezondheid.

Verwachte resultaten

Het verwachte eindresultaat van COMPARE is een onafhankelijk gepositioneerde en gestandaardiseerd ‘one-stop-shop’ Europees platform van WGS-data van infectieuze ziekteverwekkers afkomstig uit het humane, veterinaire en voedseldomein. In lijn met de One Health gedachte, wordt de COMPARE database de toekomstige bron van informatie en is praktisch toegankelijk voor onder andere: publieke gezondheidsinstanties, academisch onderzoek, clinici, epidemiologen, beleidsmakers, private industrie.

Geplande producten

Co-auteurschap van RIVM-medewerkers in diverse publicaties in peer-reviewed tijdschriften. Het consulteren van stakeholders voor PEARL-barrière-inventaris; gedragscodes; Handvest van de Principes voor deelname aan de Europese Vergelijk Database.