De laatste decennia is het voedsel in Nederland veiliger dan ooit. Toch blijft alertheid op nieuwe bedreigingen geboden. Het RIVM doet onderzoek naar voedselveiligheid en schenkt daarbij aandacht aan kinderen, ouderen en zwangere vrouwen. Op basis van het onderzoek adviseert het RIVM het ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (VWS), de Voedsel en Waren Autoriteit (VWA) en de European Food Safety Authority (EFSA).
Op het gebied van voedselveiligheid zal er een taakuitwisseling plaatsvinden tussen RIVM en RIKILT op 1 januari 2010.

Voedselinfecties
In voedsel kunnen ziekteverwekkende micro-organismen zitten. Zowel bij de voedselproductie als -bereiding kan het voedsel hiermee besmet raken. Het RIVM onderzoekt het aantal besmettingen in Nederland, de kans om ziek te worden na het eten van besmet voedsel en het effect hiervan op de gezondheid

Stoffen in voeding
In voedsel kunnen stoffen zitten die schadelijk zijn voor de gezondheid. Deze stoffen kunnen van nature in het voedsel voorkomen of als gevolg van het productieproces of menselijk handelen. Het RIVM bepaalt bij welke concentratie deze stoffen schadelijk kunnen worden voor de gezondheid en hoeveel er zonder risico van opgenomen kan worden. 

Voedselallergieën
Sommige mensen zijn overgevoelig voor bepaalde bestanddelen in hun voeding. Het RIVM identificeert deze zogenaamde allergene stoffen en bepaalt bij welke hoeveelheden er een allergische reactie kan optreden

Moderne voedingsmiddelen
De laatste jaren worden er nieuwe voedingsmiddelen ontwikkeld. Voedingsmiddelen met probiotica zijn hiervan een voorbeeld. Het RIVM onderzoekt hoeveel van deze functionele voedingsmiddelen en supplementen er in Nederland worden geconsumeerd en welke effecten ze op de gezondheid hebben. Daarnaast onderzoekt het RIVM genetisch gemodificeerde voedingsmiddelen en ingrediënten, en hun effecten op het milieu.