In de Europese Farmacopee wordt de naamgeving van werkzame bestanddelen, hulpstoffen en reagentia eenduidig vastgelegd. Waar mogelijk wordt de nomenclatuur in overeenstemming gebracht met de International Nonproprietary Names (INN) zoals deze door de WHO World Health Organization (World Health Organization ) zijn gedefinieerd.

Deze nomenclatuur voorkomt misverstanden over de identiteit van de stoffen waar registratiemedewerkers bij overheid en industrie mee te maken hebben.

De monografieën voor plantenmateriaal zijn weliswaar nog niet groot in aantal, maar ook voor die producten heeft de Europese Farmacopee een rol bij de definiëring van herkomst, samenstelling en daaraan gekoppelde nomenclatuur. Vanwege de voorkeurstalen Frans en Engels is hierbij het voor de hand liggende gebruik van Latijnse benamingen echter naar de achtergrond verdwenen. Dit leidt soms tot verwarring. Botanische herkenning wordt met tekeningen mogelijk gemaakt.

Naast de Europese Farmacopee geeft het EDQM European Directorate for the Quality of Medicines and Health Care (European Directorate for the Quality of Medicines and Health Care) (European Directorate for the Quality of Medicines) ook een lijst met standaardtermen uit voor farmaceutische toedieningsvormen, toedieningswegen en verpakkingsmaterialen. Deze lijst is ontwikkeld op verzoek van de EMA European Medicines Agency (European Medicines Agency) (EuropeanMedicines Agency), vanwege de verwarring veroorzakende uiteenlopende naamgeving van producten. In Europa is de industrie nu verplicht zich aan deze vastgelegde nomenclatuur te houden. Dit bevordert de eenduidigheid van de gebruikte termen in Summary of Product Characteristics (SPC Summary of Product Characteristics (Summary of Product Characteristics)), bijsluiters en op de verpakking.