Wie iets wil ondernemen waardoor mogelijk stikstof terecht komt in een Natura 2000-gebied (beschermd natuurgebied), heeft hiervoor een natuurvergunning of een ander toestemmingsbesluit nodig. Denk daarbij aan de aanpassing van een weg, het uitbreiden van een veehouderij, de nieuwbouw van woningen of nieuwe industriële activiteiten. AERIUS is een rekentool waarmee de uitstoot van stikstof en de neerslag daarvan op Natura 2000-gebieden wordt berekend. Op basis van de uitkomst van de berekening die met AERIUS is gedaan, kan een initiatiefnemer via het bevoegd gezag een vergunning aanvragen.