Het RIVM zorgt voor continue monitoring van de concentraties van ammoniak in de buitenlucht en neerslag. Verder zorgt het samen met terreinbeheerders voor de monitoring van de ammoniakconcentratie in ruim 60 natuurgebieden.

Behalve de concentratie meet het RIVM ook de emissie en depositie van ammoniak, dit gebeurt met diverse meetopstellingen. Daarnaast worden modelberekeningen uitgevoerd om de gemeten niveaus van ammoniak te verklaren en om de ammoniakdepositie op natuur in kaart te brengen. Ten slotte voorziet het RIVM de ministeries van IenW Infrastructuur en Waterstaat (Infrastructuur en Waterstaat) en  LNV Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit (Ministerie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit) van advies en informatie over het ammoniakdossier.