Het RIVM heeft twee meetnetten voor ammoniak: het Landelijk Meetnet Luchtkwaliteit (LML (Landelijk Meetnet Luchtkwaliteit)) en het Meetnet Ammoniak in Natuurgebieden (MAN (Meetnet Ammoniak Natuurgebieden)).
De ammoniakmeetpunten in het LML (Landelijk Meetnet Luchtkwaliteit) betreft uurlijkse waarnemingen met geavanceerde instrumenten (wet denuder-systemen) en zijn operationeel vanaf 1993. De meetpunten zijn destijds gekozen om de spreiding van de ammoniakconcentraties over Nederland inzichtelijk te maken. Oorspronkelijk gebeurde dat op acht locaties, vanaf 2014 is dat teruggebracht naar zes.
Sinds 2005 beheert het RIVM het MAN (Meetnet Ammoniak Natuurgebieden). Dit meetnet heeft als doel om de ammoniakconcentratie te volgen in een deel van de Natura 2000-gebieden die gevoelig zijn voor stikstof. De gehanteerde meetmethode (passieve sampler buisjes) is zeer eenvoudig en daarmee minder nauwkeurig, maar vanwege de aanzienlijk lagere kosten wel veel beter op een groot aantal locaties in te zetten. Om toch aan de gewenste nauwkeurigheid te komen worden de maandgemiddelde MAN-metingen elke maand geijkt aan de LML-meetwaarden.