Een virus verandert voortdurend. Ook het coronavirus SARS-CoV-2 verandert steeds een klein beetje. In het laboratorium onderzoekt het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu hoe het virus verandert en wat dit betekent voor de verspreiding van het virus in Nederland. Dit noemen we kiemsurveillance.

In het laboratorium onderzoekt het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu wekelijks een steekproef van monsters. Bij dit onderzoek worden alle bouwstenen van het erfelijk materiaal van het virus (het RNAribonucleic acid) in kaart gebracht. Dit heet sequentieanalyse. Daarmee kunnen we de bouwstenen van het virus bekijken en vergelijken met die van andere monsters. Zo kunnen we zien of en hoe het virus verandert en kunnen we vaststellen of extra waakzaamheid voor bepaalde varianten noodzakelijk is. Ook zien we welke virussen van elkaar afstammen en hoe de verschillende varianten zich verspreiden. Dit noemen we fylogenetisch onderzoek.

Kiemsurveillance video still

Bekijk de video Kiemsurveillance SARS-CoV-2

Samenwerken en kennis delen

Bij dit onderzoek werkt het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu samen met het Erasmus MCErasmus University Medical Center en andere laboratoria verspreid over het hele land. Wekelijks leveren de laboratoria een willekeurige selectie van monsters aan voor onderzoek. Dit soort analyses doet het RIVM al sinds het begin van de epidemie. Inmiddels gaat het om ongeveer1000 monsters per week. De komende tijd wordt dit aantal uitgebreid naar ongeveer 1200-1500 monsters per week. Het laboratoriumonderzoek vergt meer tijd en is ingewikkelder dan het analyseren van een monster voor bijvoorbeeld een PCR-test. Bij het onderzoek zijn dan ook verschillende specialisten betrokken. 

Kaart van Nederland kiemsurveillance onderzoek

De gegevens uit het laboratoriumonderzoek leveren waardevolle informatie op over de verschillende varianten van het virus, de eigenschappen en verspreiding. Deze informatie wordt gebruikt in rekenmodellen van het RIVM om het verloop van de epidemie en de effecten van maatregelen te voorspellen. Daarnaast is deze informatie waardevol voor deskundigen over de hele wereld. Daarom worden de gegevens in een internationale database verzameld en gedeeld. Ook maakt het RIVM deel uit van internationale expertgroepen die de evolutie van dit virus monitoren. Zo kunnen experts bij onderzoeksinstituten en internationale organisaties zoals bijvoorbeeld het ECDCEuropean Centre for Disease Prevention and Control en de WHO over de hele wereld over dezelfde gegevens beschikken. Andersom haalt het RIVM informatie uit dit internationale netwerk over varianten van het virus die nog niet in Nederland geconstateerd zijn, maar mogelijk wel kunnen opduiken. 

Varianten van het virus

Naar schatting zijn er al duizenden verschillende varianten van het coronavirus. Ook in Nederland zien we sinds het voorjaar verschillende varianten van het virus rondgaan. Het feit dat er verschillende varianten van het virus zijn, is niet nieuw. Het is vooral belangrijk of de varianten die rondgaan ook nieuwe eigenschappen hebben die extra risico’s met zich meebrengen. Bijvoorbeeld omdat ze makkelijker overgedragen worden, omdat mensen er zieker van worden, of omdat de virusvarianten minder goed op vaccinatie reageren. Op dit moment is er een toenemend aantal varianten van het coronavirus die wereldwijd gevolgd en onderzocht worden: uit het Verenigd Koninkrijk, Zuid-Afrika en Brazilië. 

Veelgestelde vragen

Hoe meten we het aandeel van een variant in de kiemsurveillance?

Het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu onderzoekt wekelijks een steekproef van 1.000 monsters van positieve PCRpolymerase chain reaction-testen die verspreid over het land zijn afgenomen. Bij dit onderzoek (kiemsurveillance) brengen we alle bouwstenen van het erfelijk materiaal van het virus (het RNAribonucleic acid ribonucleïnezuur) in kaart. Dit heet sequentieanalyse. Aan de hand van het RNA kunnen we zien of er een nieuwe variant van het virus is opgedoken en hoe vaak die bij benadering voorkomt. Zo kunnen we vaststellen of extra waakzaamheid voor bepaalde varianten noodzakelijk is. 

Hoe berekenen we het aandeel van een variant in de besmettingscijfers?

Als voorbeeld nemen we de berekening voor de Britse variant vanaf januari 2021. Eerst willen weten hoeveel van de 1.000 testmonsters uit de kiemsurveillance die elke week worden onderzocht, de Britse, de Zuid-Afrikaanse of een nieuwe variant is. 
Dan gaan we naar de volgende stap: het modelleren. Met behulp van een rekenmodel kunnen we met deze gegevens schatten hoe snel de aantallen van verschillende virusvarianten toenemen. De snelheid waarmee een variant toeneemt, heeft een voorspellende waarde voor de toekomst. Dit is de basis waarmee we een model kunnen maken. Daarmee kunnen we inschatten wat het aandeel van een variant in de toekomst zal zijn. Elke week komen er nieuwe gegevens binnen die we toetsen aan deze verwachting. Op basis van de nieuwste gegevens stellen we de verwachting bij, als dat nodig is. Zo worden de schattingen betrouwbaarder. Dat zie je terug in de modellen op deze pagina voor de Britse variant tussen 12 januari en 5 februari 2021. De rode lijn is onze schatting. De roze band aan weerzijden geeft de onzekerheid weer. Dit is dus een voorspelling waar we later het daadwerkelijke aantal meldingen aan toevoegen. De zwarte bolletjes zijn de daadwerkelijke aantallen die bij de sequentieanalyses zijn gevonden. Je ziet dat de berekeningen op basis van de meest actuele gegevens steeds weer iets worden bijgesteld. De roze band, die de onzekerheid aangeeft, wordt steeds smaller; de schattingen worden betrouwbaarder.
Van deze monsters weten we wanneer ze zijn afgenomen en het model beschrijft per dag welk percentage van alle afgenomen monsters van de Britse variant waren. Voor berekening van het R-getal moeten we dit percentage weten voor alle mensen die hun eerste ziektedag hadden volgens de dagelijkse meldingen van de GGDGemeentelijke Gezondheidsdienst'en. We weten dat tussen de eerste ziektedag en de datum dat iemand zich laat testen gemiddeld zo'n vijf dagen zit. Zo kunnen we per dag terugschatten hoeveel mensen met welke variant besmet moeten zijn geweest.