Profileren van het microbioom van de darmen, luchtwegen en omgevingslucht (Pro-GRAM, S/112010) Baarle, dr. D. van (Debbie)

Inleiding en motivatie

Er zijn steeds meer aanwijzingen dat de samenstelling van de microbiota (bacterieflora) invloed heeft op chronisch longziekten zoals astma en ‘chronic obstructive pulmonary disease’ (COPD chronic obstructive pulmonary disease (chronic obstructive pulmonary disease)). De microbiota van de darm en luchtwegen wordt beïnvloed door o.a. leeftijd, genetische achtergrond, gezondheid van de gastheer, maar ook door omgevingsfactoren zoals luchtkwaliteit en het lucht microbioom.

Doel(en) en onderzoeksvragen

In het voorgestelde projectvoorstel stellen wij als doel om meer kennis te vergaren over de samenstelling van het microbioom in relatie tot ziekte en gezondheid door 1) het implementeren van microbioom karakterisatie m.b.v. Next Generation Sequencing (NGS Next Generation Sequencing (Next Generation Sequencing )) binnen het RIVM, en 2) het onderzoeken van de effecten van de luchtsamenstelling op het microbioom van de darm en luchtwegen in bestaande patiënt cohorten. Gekeken zal worden naar de effecten van de omgeving op het microbioom en de ernst van ziekte.

Aanpak en methoden

We maken gebruik van bestaand cohort van het (IRAS Institute of Risk Assessment Sciences (Institute of Risk Assessment Sciences)/UMCU Universitair Medisch Centrum Utrecht (Universitair Medisch Centrum Utrecht)) waarbij is gekeken naar de acute effecten van luchtvervuiling veroorzaakt door de veehouderij op de longfunctie van patiënten met COPD. Aanvullend zal de lucht microbioom in de omgeving van veehouderijen worden gekarakteriseerd (op locaties relevant voor het COPD cohort) door gebruik te maken van monsters verzameld in het kader van het VGO Livestock farming and the health of local residents (Livestock farming and the health of local residents) project.

Verwachte resultaten

Dit project geeft ons de mogelijkheid om een platform op te zetten om met behulp van NGS het microbioom te karakteriseren. We zullen dit platform gebruiken voor een meta-analyse van het microbioom van luchtwegen, darm en omgevingslucht in een goed gekarakteriseerd patiënten cohort. De gegeneerde data houdt verband met twee bestaande SPR Strategisch Programma RIVM (Strategisch Programma RIVM ) projecten waarbij het microbioom wordt onderzocht, gefocust op de omgeving (MARS) en gezondheid (HORDE). Inzicht in de interactie tussen de omgeving, het microbioom, het immuunsysteem en gezondheid is belangrijk voor het RIVM omdat het aanwijzingen biedt voor preventie- en interventiestrategieën gericht op het verbeteren van de volksgezondheid. Het dient ook als voorbereiding op de Horizon 2020 Call over de effecten van de omgeving (het exposoom) op de microbioom-compositie en gezondheid.

Geplande producten

1. Platform om microbiomen te karakteriseren m.b.v. NGS binnen het RIVM.
2. Wetenschappelijke publicaties gericht op de rol van het exposoom op het microbioom van de darm en luchtwegen en de effecten hiervan op chronische longziekten.