Het RIVM doet surveillance van en onderzoek naar luchtweginfecties, het ministerie van VWS Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport (Ministerie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport) heeft het RIVM hiervoor opdracht gegeven. Een aantal surveillancetaken zijn in het kader van de Wet publieke gezondheid (2008) en in het kader van de Internationale gezondheidsregeling van de Wereldgezondheidsorganisatie (WHO World Health Organization (World Health Organization)) (2007).

Influenza

Het RIVM vormt samen met het Erasmus Medisch Centrum in Rotterdam het Nationaal Influenza Centrum (NIC Nationaal Influenza Centrum (Nationaal Influenza Centrum)). Dit centrum is het griep-aanspreekpunt voor de WHO en het European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC European Centre for Disease Prevention and Control (European Centre for Disease Prevention and Control)). Het NIC werkt samen met het Nederlands instituut voor onderzoek van de gezondheidszorg (NIVEL Nederlands instituut voor onderzoek van de gezondheidszorg (Nederlands instituut voor onderzoek van de gezondheidszorg)).
Onder verantwoordelijkheid van NIVEL registreert een landelijk netwerk van huisartsenpraktijken wekelijks het aantal patiënten dat hun huisarts bezoekt met griepachtige klachten. Bij een deel van deze patiënten worden monsters van de keel en neus afgenomen. De huisartsen sturen deze monsters naar het RIVM, waar onderzocht wordt of influenzavirus in het monster aanwezig is. Dezelfde monsters worden ook gebruikt om andere veel voorkomende virusverwekkers van acute luchtweginfecties te onderzoeken. Het NIC onderzoekt of de gevonden influenzavirussen  lijken op de virussen die in het vaccin zijn opgenomen en of ze gevoelig zijn voor de beschikbare virusremmers. Deze gegevens worden ook gebruikt door de WHO World Health Organization (World Health Organization) in het overleg over de samenstelling van het vaccin voor de komende winter. Daarnaast doet het RIVM onderzoek naar factoren die de kans op infectie met influenzavirus en op complicaties van dergelijke infecties verhogen. Ook onderzoekt het RIVM de werkzaamheid van preventieve maatregelen tegen griep, vooral van vaccinatie en behandeling met virusremmers.

Longontsteking

Het RIVM doet onderzoek naar de oorzaak van besmetting, risicofactoren en het effect van maatregelen om longontsteking te voorkomen. In samenwerking met GGD Gemeentelijke Gezondheidsdienst (Gemeentelijke Gezondheidsdienst)’en en NIVEL houdt het RIVM bij hoe vaak en waar een longontsteking optreedt (surveillance). Daarbij wordt specifiek aandacht besteed aan meldingsplichtige ziekten. Hieronder vallen Q-koorts, Veteranenziekte (legionellose) en papegaaienziekte (psittacose), die allen tot longontsteking kunnen leiden. Deze ziekten zijn niet overdraagbaar van mens op mens, maar kunnen via een gemeenschappelijke bron leiden tot meerdere ziektegevallen. Het tijdig opsporen van deze bronnen is van belang om bestrijdingsmaatregelen te nemen.
Op het gebied van legionellose werkt het RIVM samen met de Bronopsporingseenheid Legionella-pneumonie (BEL) die gevestigd is bij het Streeklaboratorium in Haarlem. Zij ondersteunen detectie van gemeenschappelijke bronnen en nemen monsters bij mogelijke besmettingsbronnen. Via Europese samenwerking worden ook in het buitenland accommodaties waar meerdere legionellosepatiënten aan gerelateerd zijn, opgespoord.
Verder besteedt het RIVM aandacht aan tuberculose, eveneens een meldingsplichtige ziekte die tot longontsteking kan leiden. Dit gebeurt in samenwerking met het KNCV Tuberculosefonds en GGD’en.

Nieuwe virusinfecties

Het RIVM volgt ontwikkelingen in het buitenland ten aanzien van nieuwe virussen die luchtweginfecties bij mensen kunnen veroorzaken. Voorbeelden van dit soort nieuwe type virussen zijn de vogelgriep A(H7N9) die in China circuleert en het Middle East Respiratory Syndrome-coronavirus (MERS-CoV). Het RIVM zorgt dat voor dit soort nieuwe virussen ook in Nederland diagnostiek beschikbaar is.