Uit het Emerging Zoonoses rapport uit 2010 blijkt dat de kennis over de Nederlandse knaagdierenpopulaties en hun ziekteverwekkers beperkt is. Het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu doet daarom onderzoek om inzicht te krijgen in de populatie-ontwikkeling en (verdere) verspreiding van wilde knaagdieren en het voorkomen van ziekteverwekkers bij deze dieren in Nederland. Met deze gegevens kan het risico van overdracht van ziekteverwekkers van bijvoorbeeld ratten naar mensen beter worden geschat. Dit onderzoek wordt sinds 2015 volledig gefinancierd door het ministerie van VWSMinisterie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport .

Muizen

Het RIVMRijksinstituut voor Volksgezondheid en Milieu heeft van 2007 tot 2013 het voorkomen van hantavirussen bij rosse woelmuizen, veldmuizen en bosmuizen onderzocht. Dit onderzoek laat zien dat er jaarlijks een grote variatie is in de populatiegroottes van de muizen en het voorkomen van het Puumala hantavirus (PUUVPuumala hantavirus) in rosse woelmuizen. Met een model kan nu op basis van mastgegevens (informatie over zaadproductie van bomen, dus de hoeveelheid beukennootjes en eikels) een voorspelling worden gedaan of er in een jaar veel of weinig PUUV-patiënten kunnen worden verwacht. Deze informatie kan gebruikt worden om GGDGemeentelijke Gezondheidsdienst'en en huisartsen te attenderen op een mogelijke toename van patiënten in het daaropvolgende jaar.  

Ratten

In samenwerking met een 20 tot 30 Nederlandse gemeentes en plaagdierbestrijders worden sinds 2014 per kwartaal meldingen van rattenoverlast verzameld. Met deze informatie kunnen trends in de grootte van rattenpopulaties in gemeentes worden onderzocht. Het aantal gemeentes is echter te beperkt om goed uitspraken te kunnen doen op landelijk niveau. Het uitbreiden van het aantal deelnemende gemeentes lukt slechts matig. Daarom wordt met verschillende stakeholders (veldpartijen en kennisinstituten ) een nieuwe monitoring ontwikkeld, in opdracht van de ministeries van VWSMinisterie van Volksgezondheid, Welzijn en Sport ,I&Wen LNVMinisterie van Landbouw, Natuur en Voedselkwaliteit. Daarnaast worden ook gegevens van bijvangsten van bruine ratten bij het beheer van muskusratten verzameld, om inzicht te krijgen in rattenpopulaties in het buitengebied.