Blauwalgen komen van nature in oppervlaktewater voor. Onder gunstige omstandigheden kunnen ze snel groeien en tot ‘bloei’ komen. Dit gebeurt bijvoorbeeld wanneer het rustig weer is met weinig stroming en het water een temperatuur heeft van 20-30°C en veel voedingsstoffen bevat. Dan ontstaan er drijflagen die voor overlast (zoals stank) kunnen zorgen. Doordat blauwalgen vaak gifstoffen maken die in het water terechtkomen als de blauwalgen dood gaan, kunnen ze ook voor gezondheidsrisico's (zoals milde huid- en maagdarmklachten) voor zwemmers zorgen.
De kwaliteit van het zwemwater op officiële zwemlocaties moet aan Europese eisen voldoen. De Europese Zwemwaterrichtlijn (2006/7/EC) noemt blauwalgen expliciet als gevaar voor de volksgezondheid waar men adequaat mee moet omgaan. Als er kans op bloei van blauwalgen bestaat, moeten er passende controles en maatregelen uitgevoerd worden.
Door nieuwe inzichten over hoe de aanwezigheid van blauwalg kan worden gevolgd, gebruiken waterbeheerders in Nederland daarom sinds enkele jaren het Blauwalgenprotocol 2020 om de gezondheid van zwemmers op officiële zwemlocaties te beschermen. Dit protocol, een update van een eerdere versie uit 2012, vertelt hen hoe ze zwemlocaties moeten controleren op blauwalgen en welke maatregelen ze moeten nemen.
Omdat het niet altijd mogelijk is de giftige van de niet-giftige blauwalgen te onderscheiden, gaat het Blauwalgenprotocol 2020 er voor de zekerheid vanuit dat ze allemaal giftig kunnen zijn. Waterbeheerders controleren zwemlocaties door op de zwemlocatie de situatie te bekijken. Daarna onderzoeken ze het water in het laboratorium. Ze volgen hierbij een verplichte, vaste procedure. Zo stellen ze vast hoeveel blauwalgen er in het water zitten en hoe groot het risico is. Waterbeheerders mogen ook extra onderzoek doen als zij dat nodig vinden.
Als het risico bekend is, worden de maatregelen genomen die daarbij horen. Dit kan een waarschuwing, een negatief zwemadvies of een zwemverbod zijn. Zwemmers krijgen hierover informatie op de zwemlocatie en op www.zwemwater.nl.
Met het juist uitvoeren van het Blauwalgenprotocol 2020 tijdens het zwemseizoen voldoet Nederland aan de eisen van de Europese Zwemwaterrichtlijn. In 2024 – 2025 wordt opnieuw gekeken of nieuwe inzichten om een aanpassing van het Blauwalgenprotocol 2020 vragen.