In 2012 is een gemoderniseerde digitale versie van deze zwemwaterenquête in gebruik genomen. De vernieuwde zwemwaterenquête heeft als doel om trends in aan zwemwater gerelateerde gezondheidsklachten, mede als gevolg van klimaatverandering, te (blijven) signaleren. Ook is een doel meer inzicht te krijgen in onder andere uitbraken en transmissieroutes anders dan contact met zwemwater uit te kunnen sluiten. Melders (GGD Gemeentelijke Gezondheidsdienst (Gemeentelijke Gezondheidsdienst)'en en provincies) kunnen gezondheidsklachten gerelateerd aan het gebruik van zwembaden invoeren. Op deze manier wordt begonnen met het in kaart brengen van dergelijke incidenten in Nederland.

Uit analyse van de gegevens uit de zwemwaterenquête blijkt een sterk verband tussen het aantal gerapporteerde gezondheidsklachten en het weer in de zomer. Bij mooi weer (veel dagen met temperaturen boven 25 °C) worden meer gezondheidsklachten gemeld. Huidklachten, zoals jeuk en bulten, worden het vaakst gemeld, gevolgd door maagdarmklachten.