Het RIVM adviseert en voert wetenschappelijk onderzoek uit in zwembaden (badinrichtingen).

Het omgaan met water in steden kent vele uitdagingen, zoals de opvang en afvoer van grote hoeveelheden neerslag en het verzamelen en behandelen van afvalwater. Het RIVM biedt ondersteuning door het inschatten van potentiële gezondheidsrisico’s van stedelijke waterconcepten.

Het RIVM draagt door onderzoek en advies bij aan het beheersen van antibioticumresistentie en brengt in kaart hoe vaak mensen besmet raken met antibioticaresistente bacteriën.

Sinds 1990 verzamelt het RIVM gegevens over gezondheidsklachten door contact met zwemwater via een digitale enquête.

Het RIVM heeft in kaart gebracht welke micro-organismen mensen door contact met zwemwater ziek kunnen maken en in welke mate klimaatverandering daar mogelijk invloed op heeft. Klimaatfactoren, zoals temperatuur, uv-straling en neerslag, hebben invloed op de fysiologie van ziekteverwekkers. Hierdoor kunnen ziekteverwekkers door klimaatverandering sneller afsterven, beter overleven of in aantal toenemen. Dit beïnvloedt de kans dat ziekteverwekkers ziekte veroorzaken als mensen in contact komen met zwemwater.

Tijdens het badseizoen wordt op officiële zwemwaterlocaties de zwemwaterkwaliteit gecontroleerd. In Nederland loopt het badseizoen van 1 mei tot 1 oktober. Buiten het badseizoen vinden geen controles plaats. 

Het RIVM​ zet kennis en expertise van microbiologie en statistiek in om het ministerie van Infrastructuur en Milieu en andere betrokken partijen te adviseren over de nationale uitvoering en (inter)nationale evaluatie van de Europese Zwemwaterrichtlijn.