Inleiding en motivatie

De bacteriën in onze darm, het zogenaamde microbioom is betrokken bij behoud van gezondheid en veroorzaken van ziekte. Gevoeligheid voor een aantal infecties en chronische ziekten is geassocieerd met de samenstelling van het microbioom. Inzicht in deze samenstelling tijdens de eerste maanden en jaren van het leven, met zowel inzicht in omgevingsfactoren en leefstijl, kan helpen bij het voorkomen van ziekte. Een recente studie suggereert ook dat er een associatie is tussen het microbioom van de darm en de afweer reactie op griepvaccinatie. Dit suggereert dat het microbioom van de darm een rol kan spelen in vaccin effectiviteit en relevante biomarkers voor vaccin respons kan verschaffen. Dit is belangrijk voor inzicht in hoe de effectiviteit van immunisaties, vooral bij ouderen waar de variatie in response op vaccinatie het grootst is, verbeterd kunnen worden. Het microbioom is ook een belangrijk reservoir voor antibiotica resistentiegenen, het zogenaamde resistoom, die kunnen leiden tot het ontstaan van infecties met bacteriën die resistent zijn tegen bepaalde antibiotica. Inzicht in de aanwezigheid van resistentiegenen op populatieniveau kan zorgen voor betere strategieën betreffende het veilig gebruik van antibiotica. Met de komst van kostenefficiënte methodes om zowel de samenstelling van het microbioom evenals het resistoom te bepalen, kan onderzoek gedaan worden naar de ontwikkeling van het microbioom en de aanwezigheid van resistentiegenen, en kunnen vragen beantwoord worden met betrekking tot de rol van de samenstelling van de darmflora in vaccinrespons, gevoeligheid voor infectieziekten en transmissie van resistente bacteriën.

Doel(en) en onderzoeksvragen

Om de samenstelling en ontwikkeling van het microbioom en resistoom van de darm en de relatie met vaccinresponse te bestuderen bij zowel pasgeborenen als bij ouderen. Daartoe zullen wij:

1. Het resistoom van de darm bestuderen en het effect van 1) behandeling met antibiotica en 2) blootstelling aan intensieve veeteelt analyseren.
2. (de ontwikkeling van) Het microbioom van de darm bestuderen  met betrekking tot vaccinrespons  in 1) een prospectief geboortecohort waarin de rol van levensstijl en behandeling met antibiotica worden geëvalueerd en 2) ouderen ten opzichte van griep infecties en vaccinaties.

Aanpak en methoden

We zullen de samenstelling van de darmflora bepalen met behulp van nieuwe sequentie technieken, waarna classificatie en karakterisering van de darmflora en een totaal overzicht van alle antibiotica resistentiegenen mogelijk is. We hebben toegang tot een aantal goed gedefinieerde cohorten waarin feces is verzameld. We analyseren factoren die van invloed kunnen zijn op microbioom en resistoom samenstelling, de ontwikkeling van het microbioom in relatie tot vaccinrespons volgen in een prospectief geboortecohort, en de relatie van verschillende microbiota  profielen en de immuunrespons op griepvaccinatie bestuderen bij ouderen.

Verwachte resultaten

• Expertise in het analyseren en interpreteren van het darm microbioom en resistoom, met specifieke nadruk op ‘big-data’ en systeembiologie benaderingen.
• Inzicht in de samenstelling van de darmflora en resistoom in de populatie en de impact ervan op gastheer reacties op infectieziekten en vaccins.
• Inzicht in relatie tussen levensstijl en externe factoren op microbioom en resistoom samenstelling.

Geplande producten

Wetenschappelijke artikelen over de aanwezigheid van resistentiegenen in relevante groepen in de Nederlandse bevolking, de rol van levensstijl op darmflora ontwikkeling, de rol van intensieve veehouderij op resistoom profielen en de relatie tussen microbiota en vaccinrespons.