Uit een gevoeligheids- en onzekerheidsanalyse is afgeleid dat jaargemiddelde concentraties van SO2 en NOx landelijk gemiddeld met een nauwkeurigheid van ca. 15% kunnen worden berekend. Voor NH3 is dit ca. 25%. Hierbij is de onzekerheid in de gehanteerde emissies van deze stoffen meegenomen. In het algemeen zijn emissies de beperkende factor (behalve wellicht voor SO2 en NOx). Voor concentraties op meer lokale schaal (individuele ecosystemen) moeten de onzekerheden met een factor twee worden vermenigvuldigd.

Bij berekening van de totale jaargemiddelde depositie van SOx, NOy en NHx komen de onzekerheden voor de landelijke schaal uit op respectievelijk. 20, 25 en. 30%. Voor de lokale schaal is dit respectievelijk 50, 60 en 95%.

De onzekerheidsschattingen zijn gebaseerd op landelijke emissies met ruimtelijke resoluties van 5 bij 5 kmkilometer (SO2 en NOx) en 0,5 bij 0,5 km (NH3) waarbij resultaten zijn vergeleken met metingen uit het Landelijk Meetnet Luchtverontreiniging. De grote onzekerheid in depositie wordt vooral gevormd door de beperkte kennis van droge depositiesnelheden.