Het RIVM stuurt een dekkend diagnostisch netwerk van medisch-microbiologische referentielaboratoria in Nederland aan ten behoeve van de openbare gezondheidszorg. De kerntaken van de referentielaboratoria omvatten referentiediagnostiek, verzamelen van referentiematerialen, wetenschappelijk advies, samenwerking en onderzoek, monitoring,  (vroeg)signalering en uitbraakmanagement.

Netwerk van referentielaboratoria

Het netwerk van medisch-microbiologische referentielaboratoria is essentieel om ziekteverwekkers vroeg te signaleren en uitbraken adequaat te managen.  Op basis van het advies van de externe commissie Verburgh <linkje naar pdf adviesrapport> is een proces en werkwijze voor het netwerk ontwikkeld. Het IDS Centrum Infectieziekteonderzoek, Diagnostiek en laboratorium Surveillance (Centrum Infectieziekteonderzoek, Diagnostiek en laboratorium Surveillance) (Centrum Infectieziekteonderzoek, Diagnostiek en laboratorium Surveillance) voert bij het RIVM zelf meerdere referentietaken uit. Daarnaast voeren ook externe laboratoria specifieke referentietaken uit. Elke vier jaar wordt de indeling van de referentielaboratoria geëvalueerd, om te kunnen inspelen op ontwikkelingen betreft (de prioritering van) ziekteverwekkers.

Referentietaak Samenstelling cluster Referentielaboratorium
Arbovirussen Chikungunya 
Denguevirus
Zikavirus
Gelekoortsvirus
Tickborne encephalitis-virus (TBE) 
Usutu virus
West Nile-virus 

RIVM-CIb Centre for Infectious Disease Control (Centre for Infectious Disease Control) i.s.m. 
Erasmus MC Erasmus University Medical Center (Erasmus University Medical Center)

Bacteriële meningitis Invasieve bacteriële infecties als
Neisseria meningitidis 
Haemophilus influenzae 
Streptococcus pneumoniae 
Amsterdam UMC Universitair Medisch Centrum (Universitair Medisch Centrum)
Bacteriële voedselinfecties Shigella spp. (Shigellose )
Salmonella spp. (Salmonellose,  buiktyfus, paratyfus)
Shigatoxine  producerende E. coli (STEC)
Enterohemorragische E. coli (EHEC) 
Campylobacter 
Listeria monocytogenes (Listeriose )
RIVM-CIb
Bijzondere bacteriële infecties 
(incl. bioterrorisme)
Bacillus anthracis (antrax)  
Clostridium botulinum (botulisme)  
Brucella
Yersinia pestis (pest) 
Francisella tularensis (tularemie)
RIVM-CIb
Bijzondere resistente micro-organismen (BRMO bijzonder resistente micro-organismen (bijzonder resistente micro-organismen)) Carbapenemase producerende Enterobacterales (CPE )
Methicilline resistente Staphylococcus aureus (MRSA) 
Vancomycine Resistente Enterokok (VRE vacomicineresistente enterokok (vacomicineresistente enterokok))
Colistine resistente bacteriën
RIVM-CIb
Chlamydia spp species (species). Van dierlijke oorsprong Chlamydia spp. RIVM-CIb i.s.m.
Zuyderland MC medisch centrum (medisch centrum)
Chlamydia trachomatis Chlamydia trachomatis Maastricht UMC
Coronavirussen Severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV-2, SARS-CoV) 
Middle East respiratory syndrome coronavirus (MERS-CoV)
RIVM-CIb i.s.m. 
Erasmus MC
Enterovirussen Non-polio enterovirussen 
Poliovirus 
RIVM-CIb
Gastro-enteritis virussen Norovirus 
Hepatitis A virus 
Hepatitis E virus
RIVM-CIb
Invasieve mycosen Aspergillus spp.   
Fusarium spp. 
Candida spp. 
RIVM-CIb i.s.m. 
Radboud MC
Legionella Legionella  spp. Streeklab Haarlem
Lyme Borrelia burgdorferi  (lyme borreliose)     RIVM-CIb i.s.m. 
Amsterdam UMC
Neisseria gonorrhoea Neisseria gonorrhoea Streeklaboratorium GGD Gemeentelijke Gezondheidsdienst (Gemeentelijke Gezondheidsdienst) Amsterdam
Overige groep A/B1 meldingsplichtige ziektes Orthopoxvirus (pokken) 
Rabiësvirus (hondsdolheid) 
RIVM-CIb
Respiratoire virussen  Influenzavirus (griep)
Dierlijke influenza virussen
Respiratoir syncytieel virus (RSV) 
Rhinovirussen 
Endemische coronavirussen
RIVM-CIb i.s.m. 
Erasmus MC
Rijksvaccinatie programma (RVP Rijksvaccinatie programma (Rijksvaccinatie programma) Corynebacterium diphtheriae (difterie) 
Clostridium tetani (tetanus) 
Bordetella pertussis (kinkhoest
Hepatitis B virus 
Humaan Papillomavirus
Rotavirus 
Bofvirus
Mazelenvirus
Rubellavirus (rode hond) 
Neisseria meningitidis (meningokok ACWY, meningokok B)
Streptococcus pneumoniae (Pneumokok)
Haemophilus influenzae  (Hib)
(poliovirus valt in cluster enterovirussen)
RIVM-CIb
Tuberculose Mycobacterium tuberculosis RIVM-CIb
Virale hemorragische koorts Ebolavirus
Lassavirus
Marburgvirus
Juninvirus
Machupovirus
Krim-Congovirus 
RIVM-CIb i.s.m. 
Erasmus MC